L’homme sain vit en symbiose… avec ses bactéries! Méprisées hier et combattues à grand renfort d’antibiotiques, elles sont aujourd’hui considérées comme des hôtes avec lesquels nous vivons en bonne intelligence. Notre santé dépendrait en partie de l’équilibre de cette flore bactérienne. Par exemple, «les souris élevées et alimentées dans des conditions stériles sont plus légères et plus chétives. Elles sont davantage confrontées à la maladie, au stress et aux troubles du développement», décrit le Pr Jacques Schrenzel, responsable du laboratoire de bactériologie des HUG.

Ce véritable changement de paradigme est dû aux progrès technologiques réalisés il y a une dizaine d’années. Grâce au séquençage à haut débit – qui décrypte l’ensemble du génome humain –, on a découvert l’existence dans notre organisme de dix mille milliards de bactéries et autres micro-organismes qu’on appelle aujourd’hui «microbiote». Leur variété est telle qu’elle nous différencie d’autrui, de façon complémentaire à notre ADN. On s’est même aperçu qu’il existait plusieurs microbiotes, avec des compositions propres, en fonction des sites anatomiques. Le microbiote intestinal est le plus connu et le plus étudié, mais les microbiotes oral, pulmonaire, cutané, vaginal, etc., jouent eux aussi un rôle crucial.

Un rôle central

La thématique du microbiote ne cesse de prendre de l’importance dans la recherche médicale. Les scientifiques cherchent à mieux identifier les bactéries et à comprendre leurs fonctions. «Elles jouent vraisemblablement un rôle clé dans le métabolisme, l’immunité, l’inflammation et le développement, mais leur contribution précise doit encore être établie», résume le Pr Schrenzel.

Leur rôle, quoi qu’il en soit, ne se limite pas à la défense contre les agents pathogènes et s’étend bien au-delà de la sphère intestinale. «Les bactéries intestinales digèrent les fibres et produisent de l’énergie, des vitamines ainsi que des substances – des métabolites – qui ont des effets sur d’autres organes (cœur, reins, cerveau, etc.), avec lesquels elles communiquent», explique Vladimir Lazarevic, chercheur au laboratoire de génomique à la Faculté de médecine de l’UNIGE.

Vers un microbiote idéal ?

On ne connaît pas encore la nature du microbiote idéal, ni même s’il existe. Par contre, on sait que la flore des personnes en bonne santé diffère de celle des malades. Lors de diarrhées, par exemple, elle peut être envahie par des bactéries pathogènes. Mais les changements de microbiote peuvent être liés à des maladies de manière beaucoup plus subtile. Un spectre très large serait concerné: obésité, maladies inflammatoires intestinales (Crohn, colite ulcéreuse), maladies cardiovasculaires, neurologiques (sclérose en plaques, Parkinson), troubles du développement (autisme), allergies, asthme, etc. Si les perspectives de compréhension sont énormes, «à ce stade, on observe uniquement des associations entre des phénomènes, sans pouvoir établir de liens de causalité », nuance Vladimir Lazarevic. Aussi, ajoute le Pr Schrenzel, « faute de méthodes standardisées, il est difficile de comparer les résultats obtenus et de parvenir à des conclusions claires». De plus, beaucoup d’études se fondent sur le modèle animal et devront être confirmées chez l’homme. Aussi passionnant soit-il, le microbiote est encore un domaine à l’état de recherche, avec des applications cliniques à ce jour très restreintes.

À l’avenir, on espère prédire, voire empêcher la survenue de maladies, affiner les pronostics et mieux cibler les traitements. «On aboutira à une médecine plus personnalisée en fonction du microbiote et du style de vie de chacun», estime le Pr Schrenzel. L’analyse du microbiote, mais surtout sa manipulation à l’aide de probiotiques (nutriments favorisant la prolifération des « bonnes » bactéries) et de prébiotiques (bactéries vivantes), de transplantation fécale ou par le biais de l’alimentation, deviendront ainsi des moyens thérapeutiques supplémentaires pour la prévention, le soin et le suivi des patients.