Pulsations - microbiote

Dans le secret de nos intestins

admin — Tue, 01 Apr 2025 08:56:00 +0000

Texte:

Laetitia Grimaldi

Photos:

Bogsch & Bacco

Traitements inédits, prouesses de l’endoscopie, prévention dès le plus jeune âge : la gastro-entérologie se veut de plus en plus multidisciplinaire et innovante pour comprendre, diagnostiquer et prendre en charge les troubles passagers ou plus complexes de nos intestins.

Qu’ils nous terrassent de douleur, gargouillent frénétiquement, rendent indispensable la présence de toilettes à proximité, se traduisent par de l’absentéisme scolaire ou qu’ils se détériorent en silence au fil du temps : nos intestins peuvent être le siège de nombreux maux. Comment les éviter, les identifier et les soigner ? De nombreux défis s’imposent aujourd’hui à la gastro-entérologie au sujet de ces deux protagonistes clés de notre digestion que sont l’intestin grêle et le côlon – ou «gros intestin» (lire infographie de l'intestin). Car si la compréhension globale des mécanismes digestifs est connue, les intestins n’ont pas encore révélé toutes leurs subtilités et leurs dysfonctionnements sont d’une immense complexité.

Révolution grâce au microbiote

Le rôle du microbiote notamment demeure particulièrement mystérieux. «Le sujet est en vogue à juste titre, car le microbiote est sans aucun doute le siège de fonctions majeures, dans les intestins et au-delà, mais de nombreux aspects restent à élucider. Pour autant, il est depuis quelques années au cœur d’un traitement révolutionnaire : la transplantation fécale (aussi appelée "transfert de matières fécales", ndlr), souligne le Pr Jean-Louis Frossard, médecin-chef du Service de gastro-entérologie et hépatologie. Son principe ? Utiliser le microbiote intestinal sous forme de médicament. Produits dans des conditions de laboratoire très strictes, ces nouveaux traitements sont le plus souvent délivrés dans le tube digestif par sonde naso-duodénale ou, depuis peu, par gélules. Leur vocation : soigner l’infection à Clostridioides difficile, une maladie intestinale complexe et souvent grave. «Dans 90% des cas, deux prises suffisent à l’enrayer chez des personnes pour qui les antibiotiques étaient devenus inefficaces», détaille l’expert.

Pr Jean-Louis Frossard, médecin-chef du Service de gastro-entérologie et hépatologie.

Constellation de facteurs

Composition du microbiote propre à chaque individu, hygiène de vie, prédisposition génétique, infections virales, environnement psychosocial : c’est bien souvent une constellation de facteurs qui conditionnent la santé de nos intestins. «Même si, là aussi, des zones d’ombre demeurent, il est certain que la prévention est un levier majeur. Or beaucoup reste à faire, à titre personnel comme collectif», souligne le Pr Frossard. Et de préciser : «Face au fléau du cancer colorectal notamment, qui atteint des personnes de plus en plus jeunes, le dépistage (dès l’âge de 50 ans en général) est essentiel, mais il est aussi crucial de lutter contre deux facteurs de risque clairement identifiés : l’obésité et le tabagisme.» Et puis, il y a ce que nous mangeons : «Dès le plus jeune âge, la santé des intestins et la richesse du microbiote passent par une alimentation la plus variée, saine, équilibrée et riche en fibres possible», souligne la Pre Valérie McLin, médecin responsable de l’Unité de gastro-entérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques.

Plus de 4 000

Le nombre de cas de cancer colorectal recensés chaque année en Suisse.

Selon les âges

Les prouesses en cours découlent aussi des innombrables progrès dans la prise en charge de ces maladies intestinales qui peuvent, selon les cas, être gravement invalidantes ou demeurer longtemps silencieuses. «Chez les tout-petits, soit jusqu’à 2 ans environ, les symptômes les plus fréquents sont les pleurs, l’irritabilité, la présence de sang dans les selles, les reflux et une faible prise de poids. Puis, apparaît la cause numéro une des douleurs abdominales : la constipation. Le plus souvent, celle-ci n’est pas d’origine pathologique, mais découle d’un quotidien où les enfants font volontiers l’impasse sur le passage aux toilettes », décrit la Pre McLin. Et d’ajouter : «Quels que soient les symptômes, la vigilance s’impose. Car, au-delà du quotidien perturbé, les maladies intestinales touchant les enfants peuvent être à l’origine d’un défaut d’assimilation des nutriments. Par conséquent, elles peuvent avoir une incidence majeure sur la croissance, le capital osseux et la puberté. D’où l’importance d’une prise en charge globale quand un trouble est avéré, incluant des spécialistes en nutrition.»

Pre Valérie McLin, médecin responsable de l’Unité de gastro-entérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques

Maladie cœliaque – ou intolérance au gluten, intolérance au lactose, douleurs abdominales fonctionnelles : les pathologies possibles sont multiples et, comme pour les adultes, les investigations se décident au cas par cas. «Nous disposons de nombreuses techniques – bilans sanguins, examens endoscopiques (toujours pratiqués sous sédation chez les enfants), tests pour évaluer intolérances ou allergies, échographie ou encore Pillcam, mais l’examen clinique et la prise en compte de l’histoire de l’enfant sont aussi déterminants», note l’experte.

Autant d’approches qui se retrouvent aussi du côté des soins adultes, où l’endoscopie a révolutionné la prise en charge comme les traitements eux-mêmes : «Depuis une dizaine d’années, cette technique a métamorphosé la gastro-entérologie. Elle offre des diagnostics toujours plus précis et traite directement de nombreuses lésions», précise le Pr Frossard. Et d’ajouter : «Ces innovations se doublent de toutes celles qui sont en cours dans le domaine de la nutrition (par exemple, pour soulager les douleurs liées au syndrome de l’intestin irritable), en chirurgie viscérale et dans le domaine pharmacologique. En effet, aujourd’hui, de nouveaux traitements biologiques ou anti-inflammatoires voient le jour, notamment pour les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) – maladie de Crohn et rectocolite hémorragique –, des pathologies en constante augmentation. Survenant le plus souvent en âge scolaire ou chez les jeunes adultes, ces maladies particulièrement éprouvantes péjorent beaucoup le quotidien des personnes qui en souffrent.»

Entre 15 et 30 ans

puis entre 50 et 80 ans, les âges auxquels se manifestent les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI).

Intolérance, allergie : comment s’y retrouver ?

L’impression de mal digérer gluten, lactose ou encore arachides peut se muer en questionnements sans fin et parfois inciter à désigner un peu vite un coupable « idéal » dans nos assiettes… Décryptage express avec le Pr Philippe Eigenmann, médecin responsable de la consultation d’allergologie pédiatrique.

Intolérance ou allergie ?
Pour la première, les symptômes peuvent être diffus : mauvaise qualité de sommeil, problèmes de concentration ou encore douleurs abdominales. La seconde se manifeste plutôt par le biais d’éruptions cutanées et, dans les cas sévères, de troubles respiratoires parfois graves.

Comment savoir ?
Seule l’expérience de l’éviction de l’aliment suspecté sur une période donnée peut aider à confirmer l’intolérance, si les symptômes disparaissent. Pour l’allergie, le plus souvent des tests sanguins et cutanés sont requis. Pour le cas particulier de la maladie cœliaque (intolérance au gluten), une endoscopie peut être nécessaire.

Quel traitement ?
Ne plus consommer l’aliment incriminé est la principale stratégie à adopter en cas d’intolérance et plus encore d’allergie, l’absorption de la substance allergène pouvant engendrer des manifestations graves. En cas de maladie cœliaque, l’éviction du gluten doit être totale et à vie.

Témoignage, NICOLAS, 50 ans

« Je mentirais si je disais que j’accepte de vivre avec cette stomie, mais… »

«Tout a commencé en 2022, lorsque j’ai senti une boule au niveau de mon périnée. Les investigations ont montré qu’il s’agissait d’une fistule anale, sorte de canal s’étant creusé depuis un abcès dans mon côlon. Or, non seulement elle ne s’est pas résorbée malgré les traitements, mais surtout, d’autres n’ont cessé d’apparaître. Conséquence : j’ai été opéré douze fois en deux ans. Épuisé par les récidives et les douleurs, j’ai sombré dans la dépression. Finalement, ultime recours pour soulager mon côlon et viser une rémission, mon médecin aux HUG m’a proposé la pose d’une stomie, autrement dit une poche externe recueillant les selles. Je connaissais cette technique, mais lorsqu’elle nous concerne directement, c’est autre chose… Les premiers jours à l’hôpital ont été cauchemardesques. Les bruits associés au dispositif, la peur des fuites de selles, la gêne vis-à-vis de mon propre corps : tout m’a accablé. Ce qui m’a sauvé a été de passer un mois en réhabilitation à la Clinique de Crans-Montana des HUG. J’y ai reçu une aide précieuse pour me familiariser avec le dispositif et le soutien psychologique dont j’avais besoin. Aujourd’hui ? Je mentirais si je disais que j’accepte de vivre avec cette stomie, mais je m’y suis habitué. J’ai aussi intégré un groupe de parole organisé par la Ligue genevoise contre le cancer, repris le travail et même les voyages. Si tout va bien et que mes lésions cicatrisent enfin, la stomie me sera retirée dans quelques mois. »

Dossier Maladies digestives : Mieux prévénir et soigner

Dans le secret de nos intestins
Infographie : l'intestin
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Vraies ou fausses bonnes idées ?

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Les mystères (infinis) du microbiote

admin — Tue, 01 Apr 2025 08:36:00 +0000

Texte:

Laetitia Grimaldi

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Bogsch & Bacco

Trois questions au Pr Jacques Schrenzel, responsable du laboratoire de bactériologie.

Pulsations : Les intestins, et le microbiote qui s’y trouve, sont régulièrement présentés comme notre « deuxième cerveau » : cela a-t-il du sens ?
Pr Jacques Schrenzel : Très certainement, même si d’innombrables aspects restent à éclaircir. Deux domaines sont au cœur des recherches pour mieux comprendre ce qui se joue dans l’axe dit «intestin-cerveau» : le réseau de connexions neuronales qui se trouve dans les intestins et le microbiote lui-même. Pour le premier, un protagoniste majeur est à l’œuvre : le nerf vague. Contrôlant de nombreuses fonctions vitales et régissant notamment la motricité du système digestif, il est très probable qu’il soit capable de faire «remonter» une multitude d’informations au cerveau. Quant au second, le microbiote intestinal, il doit ses probables pouvoirs – et ses possibles méfaits – à l’ensemble des milliards de bactéries, levures, virus ou encore parasites qui le constitue.

Que savons-nous de ces pouvoirs et méfaits ?
Ils sont encore très mal compris en raison de la complexité du microbiote et des interactions qui s’y déroulent. Mais une chose est sûre : les bactéries qui peuplent nos intestins jouent un rôle majeur dans des fonctions aussi concrètes que l’élaboration de vitamines, l’assimilation des nutriments ou encore la synthèse de substances impliquées dans la communication nerveuse. Par le biais de la circulation sanguine, ces dernières peuvent sortir des intestins pour être véhiculées dans l’organisme. Ce qui se passe dans l’intestin est donc probablement en prise directe avec le cerveau, y faisant potentiellement naître des émotions, mais également de possibles dysfonctionnements.

«L’un des enjeux est de mieux comprendre les liens de causalité entre la composition du microbiote et l’apparition de pathologies» Pr Jacques Schrenzel, responsable du laboratoire de bactériologie

Quelles avancées attendre des recherches sur le microbiote ?
Elles sont nombreuses. L’un des enjeux est de mieux comprendre les liens de causalité entre la composition du microbiote et l’apparition de pathologies telles que les cancers, les troubles psychiques ou les maladies neurodégénératives, comme la maladie d’Alzheimer. Si la recherche avance et que les perspectives de traitement d’une multitude de maladies pourraient être exceptionnelles, nous savons aujourd’hui que la santé du microbiote – et donc la nôtre – passe notamment par une alimentation la plus saine et variée possible et par un usage non excessif d’antibiotiques.

Dossier Maladies digestives : Mieux prévénir et soigner

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Voyage immersif dans le microbiote

admin — Sat, 07 Jan 2023 14:18:18 +0000

Texte:

Giuseppe Costa

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Planète Santé

Le microbiote, tout le monde en parle… En réalité, qu’est-ce ? À quoi sert-il ? D’où vient-il ?

Microworld – Voyage au centre du microbiote intestinal humain propose un voyage immersif : suivez le parcours de la nourriture et des microbes de la bouche à l’anus, en passant par l’estomac, l’intestin et le côlon. Découvrez quels micro-organismes vivent en nous, leurs activités et leurs effets sur notre digestion et notre santé, mais aussi comment en prendre soin.

Plongez dans le monde microscopique de nos entrailles grâce à ce livre d’un nouveau genre, richement illustré, rédigé dans un langage accessible à toutes et tous et ponctué d’animations 3D en réalité augmentée. Cet ouvrage a été réalisé par l’équipe de BiOutils – plate-forme de médiation scientifique de l’Université de Genève – et édité par Planète Santé.

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Le côlon

admin — Mon, 01 Jul 2019 09:14:41 +0000

Texte:

Anouk Pernet

Photos:

Wendi Strang-Frost

Au creux de l’abdomen, le côlon encadre l’intestin grêle. Grâce aux cinq couches de sa paroi, il absorbe l’eau du bol alimentaire, assure l’équilibre hydrique de notre corps et évacue les déchets de notre digestion. Ce long tube est l’organe du système digestif le plus vulnérable aux maladies.

Millefeuille musclé

Le côlon est composé de cinq couches. La première, la muqueuse, absorbe l’eau contenue dans les aliments décomposés, qui circulent sous forme de liquide (le chyme) une fois passés dans l’estomac. Dans le côlon, ils se solidifient, formant ainsi les selles. En dessous se trouve la sous-muqueuse, très vascularisée. Suivent ensuite deux couches de muscles qui, en se contractant, font transiter les selles jusqu’au rectum. Enfin, la dernière couche, nommée «séreuse», assure le maintien de l’organe.

Le microbiote

Des milliards de bactéries peuplent notre côlon. Telle une empreinte digitale, ce microbiote (ou flore intestinale) est propre à chaque individu. Depuis quelques années, il est considéré comme une composante essentielle de l’organisme. Quand la diversité microbienne s’appauvrit, des maladies se développent. On suspecte le microbiote d’être associé à l’obésité, la dépression, la sclérose en plaques ou encore l’autisme. Pour le restaurer, de nombreuses études planchent sur la transplantation de selles d’un sujet sain à une personne malade (lire le dossier Microbiote).

Dépister le cancer colorectal

Plus de 4’000 cas de cancer colorectal sont recensés chaque année en Suisse. Il s’agit du troisième cancer le plus fréquent et compte parmi les plus meurtriers. Quand les symptômes se manifestent, la maladie est déjà à un stade avancé. Pour éviter cela, un dépistage régulier est de mise dès 50 ans. Grâce à la coloscopie, le médecin repère les polypes, des excroissances se formant sur la muqueuse intestinale. S’ils sont précurseurs d’un cancer colorectal, ils sont enlevés avant toute complication. Grâce aux évolutions technologiques et la sédation du patient, l’examen est indolore et dure entre 20 et 30 minutes. Une autre méthode de dépistage est la recherche de sang dans les selles, toutefois moins fiable et à répéter tous les deux ans.

Des fibres contre la constipation

Une selle par jour est le rythme d’une digestion normale. Dans notre société, la population est sujette à la constipation, à cause d’une alimentation pauvre en fibres. La pression intra-intestinale qu’elle engendre peut favoriser l’apparition de diverticules, de petites cavités dans la paroi musculaire susceptibles de s’infecter. Pour rétablir un transit sain, il faut assurer un apport suffisant en fibres, en consommant fruits et légumes au quotidien.

Syndrome du côlon irritable

Cette pathologie touche en particulier les jeunes adultes, avec une prépondérance féminine. Elle se déclare par des douleurs abdominales, de la diarrhée ou une constipation. Toutefois, les symptômes semblent disparaître la nuit. Si son origine exacte n’est pas connue, on la retrouve souvent chez des personnes anxieuses, sans savoir si c’est l’anxiété qui cause la maladie ou l’inverse. La piste du microbiote est également évoquée.

10¹²

Le nombre de microbactéries du microbiote présentes par demi-litre de selles.

Le pourcentage de la population suisse souffrant du syndrome du côlon irritable.

L’âge auquel doit avoir lieu le premier dépistage du cancer colorectal.

1,5

En mètre, la longueur moyenne du côlon déplié. Sa taille est très variable entre les individus, allant de 1 m à 1,8 m.

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EXPERT:

Pr Jean-Louis Frossard, médecin-chef du Service de gastro-entérologie et d’hépatologie

Agenda juillet-septembre 2018

admin — Sun, 01 Jul 2018 13:48:48 +0000

Texte:

André Koller

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Coralie Sanson

Du 07/07 au 08/07

Nuit des sciences!
C'est parti mon cli-cli
La Perle du lac
Stand bioscope
Rue de Lausanne 128
Le clitoris est le seul organe entièrement dévolu au plaisir. Contrairement au pénis, il est souvent oublié des livres d’anatomie. Découvrez-le à travers une sculpture gonflable monumentale, des ateliers, expositions, performances et débats. Cet événement est organisé par le Département femme-enfant-adolescent des HUG, l’Université de Genève et le groupe Daïana, action culturelle.

Du 10/09 au 14/09

Allaitement
Semaine mondiale
Lundi : 12h-16h
Mardi, mercredi, vendredi : 9 h-13 h
Hall d’entrée de la Maternité Boulevard de la Cluse 30
A l’occasion de la semaine mondiale, la Maternité propose des stands d’information tout public sur le thème L’allaitement, une base pour la vie.

Le 20/09

Conférence-débat
Don d'organes
19h-20h
Auditoire Marcel Jenny
Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
Entrée libre
En Suisse, une personne en attente d’un organe décède tous les cinq jours. Le système de consentement présumé en vigueur dans la plupart des pays voisins serait-il préférable au système du consentement explicite actuellement en vigueur en Suisse ? Un récent sondage a révélé que la grande majorité des Suisses est favorable au don d’organes.

Le 21/09

Alzheimer
Journée genevoise
15h30-18h30
Auditoire Marcel Jenny
Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
Entrée libre
L’Alliance entre la société civile et les chercheurs pour un lendemain sans Alzheimer organise une série de conférences publiques sur les enjeux sociétaux, la connaissance et les traitements de cette maladie. Plus d'informations

Du 11/09 au 31/12

Photographie
Pers-Noces
Espace Opéra
Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
CAAP Arve-Rte des Acacias 3
CAAP Grand-Pré - Rue du Grand-Pré 70 C
Entrée libre
Des créations – light painting – issues d’une collaboration entre la photographe Coralie Sanson et les équipes soignantes du Programme expérimenté de prescription de stupéfiants (PEPS) sont à découvrir jusqu’à la fin de l’année. Depuis une vingtaine d’années à Genève, le PEPS offre aux personnes dépendantes un traitement de prescriptions d’héroïne médicale

Pulsations TV

Chaque mois, Pulsations TV consacre une émission à un aspect particulier de la médecine aux HUG.

Pulsations TV sur YouTube

Septembre

Pulsations TV s’intéresse aux microbiotes et les espoirs thérapeutiques suscités par leur découverte.

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Les selles comme médicament

admin — Sun, 01 Jul 2018 13:29:26 +0000

Texte:

Elodie Lavigne

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Julien Gregorio

La transplantation fécale (TF)* intrigue, en même temps qu’elle suscite de l’espoir. Le Dr Benedikt Huttner, médecin adjoint agrège au Service des maladies infectieuses des HUG, fait la lumière sur un traitement peu banal.

Pulsations La TF suscite beaucoup de curiosité. De quoi s’agit-il exactement ?

Dr Benedikt Huttner Il s’agit de recueillir les selles d’un donneur sain en fonction de critères similaires au don du sang. L’échantillon est filtré pour isoler les bactéries et contrôlé pour exclure le risque de transmission d’infections. La transplantation de selles se fait sous forme liquide par une sonde naso-gastrique ou gastro-duodénale, ou via l’anus. Les HUG se sont distingués avec l’étude R-Gnosis WP3, en étant les premiers en Suisse à congeler la matière fécale dans des capsules pour pouvoir les donner par voie orale. Une méthode moins invasive et plus confortable pour le patient.

Quelles sont ses indications ?

La colite à Clostridium difficile, une infection qui cause des diarrhées importantes avec un risque de rechute et de péjoration sérieuse de l’état du patient, est la seule indication reconnue. Plusieurs études ont confirmé l’efficacité supérieure de la TF par rapport à d’autres traitements pour les cas récidivants. Elle suscite également un fort intérêt pour traiter la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse et le syndrome du côlon irritable. Mais les études qui devraient valider cette approche sont encore en cours.

Quels sont les risques ?

En général, la TF est bien supportée, mais des événements indésirables graves sont décrits. Par ailleurs, le risque d’induire certaines maladies auto-immunes et la transmission de pathogènes du donneur ne peuvent pas être exclus à 100 %. Enfin, cette thérapie doit encore être standardisée.

* ou bactériothérapie fécale

Dossier Microbiotes

Microbiote(s): vers de nouveaux espoirs thérapeutiques
Cancer et microbiote: des progrès attendus
Les selles comme médicament
Connaissez-vous vos microbiotes?
Microbiote: vrai ou faux?

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Microbiote(s): vers de nouveaux espoirs thérapeutiques

admin — Sun, 01 Jul 2018 13:23:15 +0000

Texte:

Elodie Lavigne

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ShutterStock

Les récentes découvertes sur le microbiote – l’ensemble des bactéries vivant dans l’organisme – ont ouvert de nombreuses perspectives. Et si, en modifiant cette flore, on parvenait à prévenir et mieux soigner certaines maladies? Les experts des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et de l’Université de Genève (UNIGE) se font l’écho d’un domaine de recherche en plein essor.

L’homme sain vit en symbiose… avec ses bactéries! Méprisées hier et combattues à grand renfort d’antibiotiques, elles sont aujourd’hui considérées comme des hôtes avec lesquels nous vivons en bonne intelligence. Notre santé dépendrait en partie de l’équilibre de cette flore bactérienne. Par exemple, «les souris élevées et alimentées dans des conditions stériles sont plus légères et plus chétives. Elles sont davantage confrontées à la maladie, au stress et aux troubles du développement», décrit le Pr Jacques Schrenzel, responsable du laboratoire de bactériologie des HUG.

Ce véritable changement de paradigme est dû aux progrès technologiques réalisés il y a une dizaine d’années. Grâce au séquençage à haut débit – qui décrypte l’ensemble du génome humain –, on a découvert l’existence dans notre organisme de dix mille milliards de bactéries et autres micro-organismes qu’on appelle aujourd’hui «microbiote». Leur variété est telle qu’elle nous différencie d’autrui, de façon complémentaire à notre ADN. On s’est même aperçu qu’il existait plusieurs microbiotes, avec des compositions propres, en fonction des sites anatomiques. Le microbiote intestinal est le plus connu et le plus étudié, mais les microbiotes oral, pulmonaire, cutané, vaginal, etc., jouent eux aussi un rôle crucial.

Un rôle central

La thématique du microbiote ne cesse de prendre de l’importance dans la recherche médicale. Les scientifiques cherchent à mieux identifier les bactéries et à comprendre leurs fonctions. «Elles jouent vraisemblablement un rôle clé dans le métabolisme, l’immunité, l’inflammation et le développement, mais leur contribution précise doit encore être établie», résume le Pr Schrenzel.

Leur rôle, quoi qu’il en soit, ne se limite pas à la défense contre les agents pathogènes et s’étend bien au-delà de la sphère intestinale. «Les bactéries intestinales digèrent les fibres et produisent de l’énergie, des vitamines ainsi que des substances – des métabolites – qui ont des effets sur d’autres organes (cœur, reins, cerveau, etc.), avec lesquels elles communiquent», explique Vladimir Lazarevic, chercheur au laboratoire de génomique à la Faculté de médecine de l’UNIGE.

Vers un microbiote idéal ?

On ne connaît pas encore la nature du microbiote idéal, ni même s’il existe. Par contre, on sait que la flore des personnes en bonne santé diffère de celle des malades. Lors de diarrhées, par exemple, elle peut être envahie par des bactéries pathogènes. Mais les changements de microbiote peuvent être liés à des maladies de manière beaucoup plus subtile. Un spectre très large serait concerné: obésité, maladies inflammatoires intestinales (Crohn, colite ulcéreuse), maladies cardiovasculaires, neurologiques (sclérose en plaques, Parkinson), troubles du développement (autisme), allergies, asthme, etc. Si les perspectives de compréhension sont énormes, «à ce stade, on observe uniquement des associations entre des phénomènes, sans pouvoir établir de liens de causalité », nuance Vladimir Lazarevic. Aussi, ajoute le Pr Schrenzel, « faute de méthodes standardisées, il est difficile de comparer les résultats obtenus et de parvenir à des conclusions claires». De plus, beaucoup d’études se fondent sur le modèle animal et devront être confirmées chez l’homme. Aussi passionnant soit-il, le microbiote est encore un domaine à l’état de recherche, avec des applications cliniques à ce jour très restreintes.

À l’avenir, on espère prédire, voire empêcher la survenue de maladies, affiner les pronostics et mieux cibler les traitements. «On aboutira à une médecine plus personnalisée en fonction du microbiote et du style de vie de chacun», estime le Pr Schrenzel. L’analyse du microbiote, mais surtout sa manipulation à l’aide de probiotiques (nutriments favorisant la prolifération des « bonnes » bactéries) et de prébiotiques (bactéries vivantes), de transplantation fécale ou par le biais de l’alimentation, deviendront ainsi des moyens thérapeutiques supplémentaires pour la prévention, le soin et le suivi des patients.

Salon Planète Santé LIVE

Du 4 au 7 octobre 2018
Palexpo – Genève

Venez découvrir les mystères du microbiote sur le stand des HUG et de l’UNIGE !

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Nutrition & Microbiote

Le 4ème symposium Nutrition and Microbiota aura lieu le 7 février 2019.
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Connaissez-vous vos microbiotes?

admin — Sun, 01 Jul 2018 13:08:22 +0000

Texte:

Elodie Lavigne

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Lescek Piertzak

Dans un contexte de recherche scientifique mondiale jugée exponentielle, les experts des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et de l’Université de Genève (UNIGE) tissent des collaborations fructueuses. Florilège des études en cours.

Le ventre

Le microbiote intestinal – où la concentration de bactéries est la plus forte – est impliqué dans de nombreux processus, dépassant la seule sphère intestinale. Son rôle dans la santé digestive, métabolique, et donc dans la prise de poids et l’obésité, suscite beaucoup d’intérêt.

Des études ont montré que l’obésité peut être transmise d’une souris à l’autre par transplantation de son microbiote. Mais est-ce l’obésité qui modifie le microbiote ou l’inverse? Probablement les deux. Concernant le diabète, des études chez l’homme suggèrent que la résistance à l’insuline pourrait être due à des bactéries intestinales. «La prochaine étape serait d’agir sur l’obésité ou le diabète en modifiant le microbiote pour diminuer l’absorption calorique, améliorer la sensibilité à l’insuline ou réduire la glycémie», indiquent Mirko Trajkovski, professeur de métabolisme et physiologie à la Faculté de médecine de l’UNIGE, et Ozren Stojanovic, post-doctorant à l’UNIGE.

Leurs travaux consistent à trouver la composition du microbiote la plus bénéfique pour la santé métabolique, avec un focus sur les graisses : «L’exposition au froid induit des changements dans la composition du microbiote, avec pour conséquence une meilleure métabolisation des graisses, dans la mesure où une partie de la graisse blanche (lieu de stockage d’énergie sous forme de triglycérides) se transforme en graisse brune ou beige (celle qui brûle les calories et les transforme en chaleur)», indique le Pr Trajkovski. Mais quelles bactéries contribuent spécifiquement à la modification du profil de ces graisses? C’est ce qu’ils tentent de découvrir…

Foie gras et foie alcoolique, même combat

Les maladies du foie gras et du foie alcoolique, dont les mécanismes sont semblables, influencent la composition de la flore intestinale, comme l’explique le Dr Nicolas Goossens, chef de clinique au Service de gastro-entérologie et hépatologie des HUG: «Dans la maladie du foie gras, les bactéries intestinales produisent de l’alcool, ce qui entraîne des lésions de cet organe similaires à celles des individus souffrant du foie alcoolique». Mieux caractériser le microbiote de ces patients et établir des corrélations avec leurs paramètres cliniques sont les objectifs d’une étude à venir: «Nous souhaitons poser des diagnostics plus fins et prédictifs pour les personnes à risque afin d’améliorer leur prise en charge», affirme le spécialiste.

La cachexie

De leur côté, la Pre Laurence Genton Graf, médecin adjointe agrégée au Service d’endocrinologie, diabétologie, hypertension et nutrition des HUG, et son équipe tentent de mieux comprendre le rôle du microbiote dans la dénutrition et la perte de masse musculaire (cachexie) qui y est associée. Cette perte engendre notamment une diminution des fonctions physiques et une augmentation du risque infectieux. Leur étude interventionnelle analyse les effets sur le microbiote de composants nutritionnels connus pour augmenter la masse musculaire. Le but: identifier les bactéries associées justement à une meilleure masse musculaire.

Dénutrition ou obésité, l’idée est de mieux cerner l’impact de l’alimentation sur le microbiote. Sa modulation pourrait donner lieu à de nombreuses perspectives thérapeutiques. À terme, «nous espérons mieux nourrir et mieux traiter l’individu en fonction de ses caractéristiques propres», conclut la Pre Genton Graf.

La bouche

Le microbiote oral abrite plus de 700 types de bactéries qui, selon les espèces, se logent dans différentes zones. La présence de «keystone pathogen» (bactéries ennemies), même en petit nombre, est à l’origine de problèmes dentaires divers. La carie, par exemple, est associée à la présence de bactéries (acidogènes) responsables de la déminéralisation de l’émail. La parodontie, une maladie des tissus de soutien des dents, est quant à elle due à la présence de pathogènes spécifiques, échappant au système immunitaire et à l’origine de réactions inflammatoires destructrices.

«L’identification de ces différentes niches écologiques vise à une meilleure prévention des maladies de la sphère orale. Mais aussi à des traitements plus ciblés et d’un nouveau genre avec des probiotiques pour rétablir l’équilibre de la flore bactérienne buccale», explique Serge Bouillaguet, professeur associé à l’UNIGE. L’alimentation et l’hygiène dentaire jouent un grand rôle dans la composition du microbiote oral, une vraie porte d’entrée de l’organisme : «Son déséquilibre a des répercussions locales mais aussi systémiques : diabète, maladies cardiovasculaires, cancer, Parkinson, etc.», souligne le spécialiste.

Les poumons

Pendant longtemps, on a cru que les poumons étaient un environnement stérile. Or, les techniques de séquençage ont montré la présence de germes, même en l’absence de signes infectieux. Leur nombre est faible et on ignore encore leur raison d’être. Il en va autrement dans les situations de maladie où des bactéries résidentes colonisant les voies aériennes prolifèrent.

Aux HUG, on s’intéresse en particulier aux pneumonies acquises sous ventilation mécanique chez les patients hospitalisés aux soins intensifs. La mise en place d’un tube plastique dans la trachée, nécessaire à la ventilation artificielle, favorise la colonisation des voies respiratoires profondes par des bactéries de la salive et de l’oropharynx. Quelque 15 à 20 % des patients intubés courent ainsi le risque d’une pneumonie. Le Pr Jérôme Pugin, médecin-chef du Service des soins intensifs des HUG, et son équipe ont démontré dans une étude qu’on pouvait prédire ce risque en fonction de la qualité du microbiote des sécrétions oropharyngées du patient. L’administration d’antibiotiques non résorbables dans la gorge, associée à neuf autres mesures, diminue la survenue d’une pneumonie dans ces circonstances.

Les voies génitales

La flore vaginale constitue une barrière contre les infections bactériennes et sexuellement transmissibles. Elle est composée majoritairement de lactobacilles, mais se modifie au fil des jours en fonction des cycles menstruels et de multiples autres facteurs (rapports sexuels, antibiotiques, contraception, tampons, lubrifiants, douche vaginale). De plus, elle évolue selon les périodes de la vie (puberté, grossesse, ménopause).

Parmi les infections à risque dans cette zone, celle du streptocoque B, un colonisateur fréquent du système gastro-intestinal et des voies génitales féminines. «Sa présence peut être source de complications en cas de grossesse et entraîner de nombreuses pathologies potentiellement mortelles pour le fœtus, la mère et le nouveau-né», indique la Pre Begoña Martinez de Tejada, médecin-cheffe du Service d’obstétrique des HUG. Aussi, la réponse immunitaire de la mère, avec sa cascade de réactions inflammatoires, peut provoquer un accouchement prématuré. En Suisse, un dépistage est systématiquement proposé entre la 35e et la 37e semaine de grossesse et des mesures préventives sont appliquées pour réduire le risque de maladie néonatale en lien avec cette bactérie.

Les articulations

Le microbiote des personnes souffrant de polyarthrite rhumatoïde – une maladie rhumatismale d’origine inflammatoire – a des caractéristiques particulières. Le Pr Axel Finckh et son équipe du Service de rhumatologie des HUG s’intéressent aux proches des patients atteints afin de mieux cerner les mécanismes déclencheurs de la maladie et de comprendre pourquoi certains la développent et d’autres pas. Dans cette étude prospective actuellement en cours (Arthritis-Checkup), 5 à 6 % des patients présentent, en plus des anticorps dirigés contre leur propre système immunitaire (signe précurseur de la maladie), un microbiote altéré avec la présence du germe Prevotella copri. Y a-t-il un lien de cause à effet? «Il semble qu’une composition particulière du microbiote soit susceptible de réveiller le système immunitaire et de déclencher une réaction inflammatoire dans les articulations, à distance même des intestins», répond le Pr Jacques Schrenzel, responsable du laboratoire de bactériologie des HUG. «Le microbiote est en effet un terrain d’entraînement du système immunitaire où la lutte contre les germes pathogènes s’exerce», explique le Pr Finckh.

Moduler le microbiote par une modification du régime alimentaire ou la prise d’antibiotiques afin de prévenir et traiter la maladie? «On voit déjà une influence positive du régime méditerranéen sur la santé de ces patients, peut-être parce qu’il parvient à modifier la flore intestinale», répond le Pr Finckh. La piste «antibiotique» est elle aussi prometteuse: «Certains antibiotiques sont efficaces pour réduire les symptômes de la polyarthrite, alors qu’ils ne sont pratiquement pas absorbés par le système digestif, ce qui renforce la piste microbienne.»

Le cerveau

De récentes études chez l’animal ont montré la possible influence du microbiote sur le comportement, ouvrant ainsi des perspectives inédites. Des souris élevées dans des conditions stériles étaient moins sociables que leurs congénères du groupe contrôle. Aussi, il a été démontré que le transfert de microbiote entre des souris anxieuses et des souris aventureuses a modifié leur comportement, ces dernières devenant plus craintives, et vice versa. Ces résultats ont stimulé la recherche, qui tente d’explorer les relations entre les bactéries intestinales et les maladies psychiques (anxiété, dépression), neuro-développementales (autisme) ou neurologiques (maladie d’Alzheimer et de Parkinson).

Plusieurs hypothèses se dessinent, parmi elles: «Les bactéries intestinales, en agissant directement sur la muqueuse et la paroi digestive, produiraient de la sérotonine, un neurotransmetteur impliqué dans la régulation de l’humeur», explique Stephan Eliez, professeur au département de psychiatrie de la Faculté de médecine de l’UNIGE. Autre explication, « les bactéries pousseraient les cellules immunitaires à produire des cytokines, des molécules susceptibles d’influencer la neurophysiologie et le fonctionnement cérébral ». Parmi les autres théories, la production au niveau intestinal de métabolites, des substances véhiculées par le sang qui atteindraient le cerveau et modifieraient nos comportements.

Participez à une étude sur la polyarthrite rhumatoïde (PR)

Avez-vous un proche (mère, père, frère, sœur, enfant) atteint de PR? Les parents directs d’un patient souffrant de PR ont 3 à 8 fois plus de risques de développer également la maladie. Les HUG cherchent des volontaires pour participer à une étude sur le sujet.

Plus d’infos sur : Arthritis-Checkup, par e-mail (arthritis-checkup@hcuge.ch) ou par téléphone +41(0)22 372 36 97 ou +41(0)22 372 36 81

Clostridium

Ces bactéries sont très abondantes dans le côlon. Elles vivent et se multiplient uniquement en absence d’oxygène. Elles forment des spores – formes dormantes/résistantes – ce qui augmente leur survie hors de l’organisme hôte.

Staphylococcus epidermidis

Une des plus importantes bactéries cutanées qui empêche les micro-organismes pathogènes de coloniser la peau. Elle peut causer des infections chez les personnes présentant une immunité affaiblie. Elle forme des biofilms.

Escherichia coli

Présente dans l’intestin, elle est capable de synthétiser la vitamine K. La plupart des souches sont inoffensives, mais certaines peuvent causer des infections sévères. C’est la bactérie la plus étudiée en laboratoire.

Streptococcus salivarius

Il fait partie du microbiote oral normal. Il colonise la bouche dès les premières heures suivant la naissance et devient l’espèce prédominante au niveau de la langue. Il est utilisé comme probiotique oral local.

Methanobrevibacter oralis

Cette archée – organisme unicellulaire distinct des bactéries – produit du méthane. Son abondance dans le microbiote oral est corrélée avec la sévérité de la parodontite.

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microbiote

Cancer et microbiote: des progrès attendus

admin — Sun, 01 Jul 2018 12:29:05 +0000

Texte:

Elodie Lavigne

Photos:

ShutterStock

La recherche s’intéresse beaucoup aux liens entre microbiote et cancers.

Le microbiote semble être un facteur de risque dans la survenue du cancer. Certains types de microbiotes peuvent en effet sécréter des métabolites cancérigènes à long terme. D’autres pourraient entraîner une inflammation ou une immunosuppression chronique, ce qui favorise aussi l’apparition d’un cancer. «Les données demeurent très préliminaires et portent sur des modèles animaux. De plus, aucune étude ne dit si une quelconque intervention sur le microbiote pourrait empêcher la survenue de cancers», prévient le Dr Thibaud Koessler, chef de clinique au Service d’oncologie des HUG.

Il y a quelques années, la révolution de l’immunothérapie est arrivée dans ce domaine. Des travaux récents montrent qu’une altération du microbiote, par exemple lors d’une prise d’antibiotiques ou d’un traitement par immunothérapie, peut en diminuer l’efficacité. Aux HUG, on s’intéresse en particulier aux relations entre le microbiote et les effets secondaires de l’hormonothérapie en cas de cancer du sein. À l’avenir, on espère améliorer l’efficacité des traitements et minimiser leur toxicité par le biais de manipulations sur la flore intestinale.

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admin — Mon, 25 Jun 2018 14:12:23 +0000

Texte:

Elodie Lavigne

Photos:

SciencePhotoLibrary

Il y a des bonnes et des mauvaises bactéries

Vrai et Faux. Le caractère nocif d’une bactérie dépend de sa quantité et de son milieu. Une bactérie pathogène ne pose en principe pas de problème du moment qu’elle est minoritaire dans son environnement. En revanche, en cas de déséquilibre (dysbiose), résultant d’une prise d’antibiotiques ou d’un affaiblissement du système immunitaire par exemple, la bactérie pathogène peut proliférer et causer une infection. Mais tout n’est pas noir ou blanc. L’Helicobacter pylori joue, elle, un double jeu par exemple: elle est associée à l’ulcère de l’estomac, mais aussi à une diminution du risque d’asthme.

Trop d’hygiène, ce n’est pas bon pour la santé

Vrai. Le contact avec les animaux et la saleté diminuent le risque d’allergies chez l’enfant. Ceux ayant grandi à la ferme par exemple, dans des conditions d’hygiène moins strictes, sont moins prédisposés que les citadins.

Peut-on influencer son microbiote ?

Oui. Chez les souris, une alimentation dépourvue de fibres est associée à une baisse constante de la diversité microbienne au fil des générations et à une prolifération de bactéries pathogènes. A contrario, les souris recevant un régime riche en fibres produisent, par le biais de la digestion, plus d’acides gras à chaînes courtes et sont de ce fait mieux protégées contre les allergies alimentaires et pulmonaires. Chez l’homme aussi, l’ingestion de fibres est bénéfique pour le microbiote et pour la santé. La consommation de prébiotiques (nutriments favorisant la prolifération des «bonnes» bactéries) aurait en revanche une efficacité limitée. De même, il faut, selon les spécialistes, user avec précaution des probiotiques (bactéries vivantes).

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